Em abril de 2024, o procurador-geral da República, Paulo Gonet, já havia se manifestado contra a extensão do entendimento de suspeição de Moro para o caso de José Dirceu. Segundo ele, as alegações sobre a conduta do ex-juiz variam de acordo com as particularidades de cada processo, e não devem ser aplicadas indistintamente. Na visão da PGR, os processos de Lula e Dirceu apresentam contextos e partes distintas, o que demanda uma análise específica para cada situação.
Após a decisão de Gilmar Mendes, a PGR formalizou um recurso, em 5 de novembro de 2024, contra a anulação das penas de José Dirceu, reafirmando a argumentação de Gonet de que a irregularidade apontada em um processo não pode se estender automaticamente a outro, mesmo quando os casos são conduzidos pelo mesmo magistrado. O recurso pede que a decisão de Gilmar Mendes seja revista, de forma a restabelecer as condenações de Dirceu na Lava Jato.
A avaliação do recurso caberá à Segunda Turma do STF, composta pelos ministros Gilmar Mendes, Edson Fachin, Dias Toffoli, André Mendonça e Nunes Marques. Esse colegiado tem histórico de decisões que desfavoreceram a Lava Jato, incluindo a declaração de suspeição de Moro em processos de grande impacto. Dessa forma, a decisão final sobre a anulação ou não das condenações de José Dirceu dependerá do entendimento que será firmado no julgamento do recurso da PGR.
O posicionamento firme da PGR aponta para a necessidade de impedir o efeito dominó que a suspeição de Moro poderia gerar em relação a outras condenações da Lava Jato. Para Gonet e a PGR, cada processo deve ser analisado com cautela, levando em conta suas especificidades, sob risco de comprometer investigações complexas realizadas nos últimos anos. A Segunda Turma do STF deverá, em breve, decidir se aceita ou não o recurso, o que determinará o desfecho desse capítulo jurídico-político envolvendo um dos mais notórios personagens da operação que transformou o sistema de justiça brasileiro.